空間シングルセル解析プラットフォーム　ユーザー比較ウェビナー

2月22日に放送された GenomeWebウェビナーで講演された、ノースウェスタン大学の消化器病学および肝臓学部門の医学准教授であるパランビル・デュライ先生による「Benchmarking Spatial Platforms for Inflammatory Bowel Disease 」のご講演を抜粋して、弊社日本スタッフのサマリーとともに再放送いたします。空間シングルセル解析の主要プラットフォームであるCosMx および Xeniumで、実験条件を十分に検討した比較研究のご報告です。

再放送では、弊社学術営業がCosMxのご説明とともに簡単なサマリをさせていただき、ご質問にも対応させていただきます。

弊社ウェブに、オリジナル録画とサマリーがアップされておりますので、事前にご覧いただいて19日の再放送でのご質問を用意いただくこともできます。たくさんの方からのご質問をお待ちしております。

2024年4月19日 (金) 15:00 – 16:00

◇講演１）Benchmarking Spatial Platforms for Inflammatory Bowel Disease

Parambir Dulai, MD Associate Professor of Medicine, Division of Gastroenterology and Hepatology, Northwestern University

＊2/22に開催されたGenomeWebウェビナー Single-Cell Spatial Analysis: Insights and Innovations in Disease Researchからの録画抜粋となります。

ノースウェスタン大学の消化器病学および肝臓学部門の医学准教授であるパランビル・デュライ先生は、臨床試験とバイオマーカーの発見に焦点を当てた強力な臨床トランスレーショナルリサーチプログラムを持っており、免疫介在性炎症性疾患における空間生物学と粘膜宿主マイクロバイオームの相互作用を研究するための新しいアプローチを模索されておられます。クロム病と潰瘍性大腸炎は米国での患者は300万人以上ですが、治療法は高額で限られているため、創薬が急務の疾患です。空間的な理解、たとえば微小環境で発生する粘膜低酸素症、調節不全血管新生、細胞間相互作用などの理解には空間でのシングルセル解析が役立ちます。パランビル先生は病気の病因を理解するために、どのプラットフォームがどのように機能し、成長する技術を最適に活用する方法を見つけることが重要と考え、2つの主要なプラットフォームであるCosMxとXeniumのパフォーマンス特性を定義するために、徹底的なパフォーマンス調査を行うことを決定されました。その目的は検体収集から準備と機械上で実施するためのワークフローの標準化で、特にブロック調製のばらつきがデータのばらつきになることを避けるため、IVD検体は大腸炎とクロム病からの生検で異質性、および患者集団にばらつきを持たせた、11のユニークな患者からの16のFFPEブロックが用いられました。

◇講演2） CosMxが提供するハイプレックスなシングルセル空間解析のご紹介

谷家　貴之 PhD ナノストリング・テクノロジーズ