CosMx™ SMI vs. Xenium: 研究者によるIn Situ シングルセル空間解析の優れた比較研究

CosMx SMI およびXeniumによる 16 の結腸組織ブロックの比較研究から得られた興味深い結果(シカゴNorthwestern Medicine Feinberg School of Medicineのパランビル・デュライ先生のデータより)

これまでさまざまなシングルセル空間解析プラットフォームの比較データが発表されてきましたが、体系的な比較研究はほとんどされていませんでした。シカゴにあるNorthwestern Medicine Feinberg School of Medicineのパランビル・デュライ先生は、空間分子イメージャーの公正な性能評価をするために、CosMx SMI と Xenium の間で十分に項目の検討・管理された比較を実施しました。

GenomeWebウェビナーで報告された、研究者自身によって体系的に管理された比較研究を視聴しませんか?

デュライ先生のウェビナーでの重要なポイント:

  • より広いゲノム幅を提供しているのは?
  • よりセルタイピングの一貫性があるのは?
  • 細胞のセグメンテーションはデータの精度にとって重要です
  • CosMx SMIはRNA の品質に関係なく、サンプル全体で一貫したパフォーマンスを発揮します

CosMx 1K Universal とXenium 377-plex Multi-Tissue and Cancer Panelでの比較

16の結腸組織サンプルから、CosMx は Xenium よりも細胞あたり約6倍近くの遺伝子を測定できる

これまで比較試験の多くで、実験計画で考慮すべき重要な項目が未設定でした。

制御変数の重要性:​

  • 一貫した検体準備時間は非常に重要
  • 推奨プロトコルからの逸脱によって生じる不公平なバイアスを回避

複数の生物学的レプリケートの必要性:​

  • 調査結果の信頼性と外的妥当性を高める​
  • 限られたデータに基づいた不正確な結論のリスクを軽減
Previous StudiesThis Study
1つの生物学的レプリケート (n=1)11名の患者からの16の組織ブロック
44日経過した古いTMA切片新鮮な新しい切片
過去の比較研究 (2023 12月 biorxiv) では同様の堅牢な実験パラメーターが設定されていませんでした。

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