nCounter® TCR Diversity Panel

みなさまの研究の一助に

T細胞受容体(TCR)の多様な集団は、健康かつ未変化の獲得免疫系の特徴です。一方で、TCR可変領域の再構成パターンは病原体、がんまたは移植臓器による問題に応じて変化します。TCR多様性における変化は、疾患発症および疾患進行、治療に対する奏効または非奏効、あるいは疾患回復の指標になります。nCounter TCR Diversity Panelは、酵素ステップやシーケンスを行うことなく、がん、感染症、自己免疫、移植臓器に応答するTCR可変領域の再構成パターンとTCR多様性の変化を迅速に特定します。

本製品でできること

129のヒト遺伝子を直接プロファイルします。T細胞受容体可変領域および定常領域、その他のT細胞マーカーである以下を含みます。

  • CD3/CD4/CD8
  • ナイーブおよびメモリーマーカー
  • NK細胞マーカー

疾患または治療法に応答するTCR多様性における変化を測定

効率化されたワークフローでTCR多様性とT細胞表現型を同時に測定

各サンプルに対するTCR多様性スコアを含むレポートを数分で取得可能

最大55遺伝子のPanel Plusによるカスタマイズができ、詳細なT細胞生物学のコンテンツの追加が可能

パネル選択ツール

PANEL PROであなたの研究のための遺伝子発現パネルをみつけてください

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製品情報

TCR Diversity Made Easy
Biological Framework
TCR Diversity Report
The ROSALIND® Platform
Specifications
Catalog Information
TCR Diversity Made Easy

nCounter TCR Diversity Panelは、がん、感染症、自己免疫疾患および臓器移植に対するバイオマーカー開発、免疫プロファイリングおよび細胞スクリーニングにおいて幅広い適用性を備えています。最短のハンズオンタイムで、α、β、γ、δの可変領域および定常領域の存在量をオーバーナイトでプロファイルし、各サンプルに対する多様性スコアを含む自動レポートを受け取ることができます。

 

 

Biological Framework

TCR Diversity Panelには、すべてのα、β、γ、δ可変領域と定常領域、関連するT細胞生物学の重要な免疫細胞マーカーのプローブが含まれています。

TCR Diversity Report

TCR多様性レポートは、ROSALIND® プラットフォーム内で使用するために別途購入が必要です。このレポートでは、T細胞受容体の可変領域の発現について評価されています。可変領域は全体的な発現(バックグラウンド以上または以下)に対して評価され、パネルスタンダードにノーマライズされます。これにより、これらの可変領域のより正確な定量が可能になります。TCR多様性の推定値が算出され、指定したグループピング変数との関連を示します。

TCRスコアにより、サンプル内のT細胞受容体β可変領域の多様性が算出されます。このスコアは、ある集団内の種の多様性の数学的尺度である、Shannon多様性指数計算に基づいています。この生態学的な計算により、特定のサンプル内と特定のデータセット内のT細胞受容体集団内に存在する可変領域の存在量と均一性が説明されます。与えられたスコアはデータセット内の相対値となります。高いTCRスコアは可変領域のより多様性のある集団、すなわちクローン性の低い集団であることを意味し、低いTCRスコアは多様性が低い、すなわちよりクローン性の高い集団であることを意味します。実際のクローン性は、T細胞受容体の全シーケンスによってのみ特定できますが、クローン性の推測はTCR β可変領域の多様性を測定することで可能です

TCR多様性レポートのデモバージョンのダウンロードについては、こちらをご確認ください。

The ROSALIND® Platform

ROSALINDは、バイオインフォマティクスまたはプログラミングスキルが不要なクラウドベースのプラットフォームであり、差次的な遺伝子発現データの解析と解釈を行います。以下のガイドモジュールを用いてnCounterのデータ解析を簡単に行えます。

  • ノーマライゼーション
  • 品質管理
  • 個別のパスウェイ解析
  • 差次的発現
  • 遺伝子セット解析

nCounterをご使用のお客様は、無償でROSALINDにアクセスいただけます。

Specifications

* ユーザーがサンプルに存在すると思われるT細胞の予測画分を検討し、インプット量をその都度調節する必要があります。

  • T細胞がより豊富なPBMCまたはソートしたT細胞の場合、150 ng以上が推奨されます。サンプル量に制限がなければ、300 ngがインプット量に最も適しています。
  • T細胞画分が通常、50%を下回る固形組織または非免疫組織の場合、500 ng以上が推奨されます。
  • 免疫特権組織または免疫的難治性がん組織の場合、最適化が常に推奨されます。これらの組織例には、膠芽細胞腫、乳癌組織などがあり、これらのサンプルではT細胞画分が少ない低い可能性があります。

カートリッジ内のプローブ許容量が飽和状態に達する前に、TRBC1/2プローブによって2,500カウントに達する際の許容可能なアッセイ条件を用い、TRBC1/2プローブに応じて調整することで、インプット材料を最適化できます。

本パネルのインプット量は、カートリッジが飽和することなく最小量から大幅に増やせますが、インプット量が多い場合の飽和は起こり得ます。インプット量およびアッセイ最適化に関するご質問は、NanoStringフィールドアプリケーションサイエンティストにご相談ください。

Catalog Information

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