GeoMx® デジタル空間プロファイラー

Discover Where Biology Happens

GeoMx® DSP: 様々な解析とスループットに柔軟に対応できる空間プロファイリング プラットフォーム

GeoMx Digital Spatial Profiler(DSP)を使用して、組織の不均一性と微小環境の複雑さを迅速に解決しましょう。FFPEおよび新鮮凍結組織切片の解析に、最も柔軟で堅牢な空間マルチオミックスプラットフォームです。GeoMxは、異なる組織コンパートメントや細胞集団によるRNAおよびタンパク質の発現プロファイリングを非破壊的に行うことができ、さまざまなスループットに対応可能な自動ワークフローを標準的な組織染色と組み合わせた唯一の空間生物学プラットフォームです

組織を傷つけずに、全トランスクリプトームと570以上のタンパク質のプロファイリングを行えます

全トランスクリプトームと570以上のタンパク質のターゲットの空間プロファイリングを個別に、または1スライドで同時に行えます。全組織切片、組織マイクロアレイ(TMA)、オルガノイドなど、検体の種類は自由に選択できますので、バイオマーカー探索や仮説の検証に、ぜひGeoMx DSPをご活用ください。

自分で選択した領域で、生物学に基づく
プロファイリングを行えます。

形態学的な指標からどこに線を引くかを自身で決めて組織をガイドにし、生物学に基づいたプロファイリングによって、最も重要な組織微小環境や細胞のタイプを選択します。プロファイル化する領域を選択し、各領域を異なるコンパートメントに分割し、蛍光染色パターンをマスクとして使用して、特定の組織タイプや細胞集団での発現をプロファイル化できます。

GeoMx tissue structures and cell-type masks leading to a volcano plot

GeoMx DSPで何ができますか?

GeoMx DSPの利点

生物学に根差したプロファイリング
感度
ハイプレックスなマルチオミクス解析
確かな再現性
柔軟なスループット
カスタム対応
生物学に根差したプロファイリング

柔軟なプロファイリングで組織の不均一性を把握

幾何学的プロファイリング

この検体組織の異なる領域における発現の違いは?

セグメント

生物学的に異なるコンパートメント(例: 腫瘍とその微小環境など)における発現プロファイルの違いは?

等高線

浸潤境界の両側で、免疫環境はどのように変化するのか?

感度

プローブを利用した免疫染色では、5 logのダイナミックレンジで発現量の少ない物質、中程度の物質、多い物質を検出し、さまざまな質の組織に対応できます。

ハイプレックスなマルチオミクス解析

570以上のタンパク質と全トランスクリプトームの発現差異を空間的に分析しましょう。同じ1つの組織切片で解析することも、シリアル切片で解析することもできます。細胞の状態、シグナル伝達、生物学的経路を正確に把握することが、新たなバイオマーカー、薬剤の標的、薬剤の作用機序の発見につながります。

GeoMx空間プロテオゲノミクスによる、多形神経膠芽腫の組織切片のGFAPに富む領域とCD45に富む領域で同時に測定した各種遺伝子およびタンパク質の発現の差異
確かな再現性

一貫した結果と信頼できる答えが得られる再現性のあるプラットフォームは、複数の実施医療機関で行われる大規模なコホート研究に最適です。

柔軟なスループット

自動化も可能なワークフローを利用して、大規模なコホート研究に必要なスループットを実現できます。スキャンする領域を広く設定し、1枚のスライドに複数の組織検体を載せたり、組織マイクロアレイを用いたりすることで、スライド1枚あたりの検体数を多くします。ライカバイオシステムズ製の研究用全自動免疫染色装置BOND RXまたはBOND RXMを使用して、染色処理を自動化します。スライドをまとめて染色し、その後一緒に解析に供するまで冷蔵庫で保存しておきます。そのことによる結果への影響はありません。AI技術を利用したビジオファーマ製のデジタル病理画像解析ソフトウェアが関心領域(ROI)を設定する際の参考となります。監視を要することなく夜間も分析が行え、スループットは1週間に40枚に上ります。イルミナ社のシーケンシングプラットフォームやデータ解析パイプラインとともに使用することもできます。

カスタム対応

外来性のもの、内在性のもの、細菌性のもの、ウイルス性のもの、ヒト以外の動物種のものなど、RNAまたはタンパク質のターゲットのプローブを選択して追加することができます。弊社のGeoMx Barcodingサービスをご利用ください。NGSリードアウトを使用するアッセイに400以上のRNAターゲットを加えたり、それぞれが独立したRNAアッセイである最大200種類のターゲットを設定した2つのパネルを実行できます。NGSリードアウトを使用するタンパク質アッセイには最大40種類、nCounterリードアウトを使用するタンパク質アッセイには最大10種類の抗体を選択して加えることができます。

[/one_half]


textured background

情報を得る

GeoMxについて、よりくわしく知りたい方は、下記よりお問い合わせください。

Contact Us

本製品でできること

GeoMx DSPのワークフロー

アッセイ用プローブと最大4種類の蛍光標識物質でスライド全体を染色し、装置で撮影します。蛍光染色を参考としてプロファイリングする組織の領域を決定します。マスキングを利用すれば、各領域で2種類以上の組織コンパートメントまたは細胞のプロファイリングを行うこともできます。nCounter® Analysis Systemによる直接的なデジタル計数またはイルミナ製プラットフォームによる配列決定を行い、RNAおよびタンパク質の発現量を定量します。本製品に含まれるDSP Data Analysis Suite(DSPDA)や、オープンソースの各種ツール、弊社が提供するSpatial Data Analysisサービス(SDAS)を利用してデータを解析します。

GeoMx論文

View All Publications

Whole transcriptome profiling of placental pathobiology in SARS‐CoV‐2 pregnancies identifies placental dysfunction signatures

Objectives: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS‐CoV‐2) virus infection in pregnancy is associated with higher incidence of placental dysfunction, referred to by a few studies as a ‘preeclampsia‐like syndrome’. However, the mechanisms underpinning SARS‐CoV‐2‐induced placental malfunction are still unclear.

Efficacies and Alterations in Molecular Markers Associated with Glutamatergic Signaling and Immune Checkpoint Inhibitors in a Spontaneous Melanoma Mouse Model

Previous work done by our lab described the use of an immunocompetent spontaneous melanoma-prone mouse model, TGS (TG-3/SKH-1) to evaluate treatment outcomes using inhibitors of glutamatergic signaling and immune checkpoint for 18 weeks. We showed a significant therapeutic efficacy with a notable sex-biased response in male mice.

Spatial Transcriptomic Profiling of Tetraspanins in Stage 4 Colon Cancer from Primary Tumor and Liver Metastasis

Stage 4 colon cancer (CC) presents a significant global health challenge due to its poor prognosis and limited treatment options. Tetraspanins, the transmembrane proteins involved in crucial cancer processes, have recently gained attention as diagnostic markers and therapeutic targets.

関連資料

See All Resources
Brochure/eBook GeoMx DSP – Brochure
Product Bulletin GeoMx Human Whole Transcriptome Atlas – Product Bulletin
Whitepaper High Throughput Spatial-Omics Sample Processing Using the GeoMx® Digital Spatial Profiler
Product Bulletin GeoMx® IO Proteome Atlas Product Bulletin
Product Bulletin GeoMx Cancer Transcriptome Atlas (CTA) – Product Bulletin
Blog Post Spatial Transcriptomics: Birth of GeoMx® Digital Spatial Profiler

Request a Quote

Contact our helpful experts and we’ll be in touch soon.