空間プロテオゲノミクス

イントロダクション

空間プロテオゲノミクスは、1枚の組織検体から、RNAおよびタンパク質の包括的な情報が得られる研究領域です。細胞内の生物学的特性の全体像が得られることで、転写、翻訳、代謝回転を制御するプロセスについて、他に類を見ない知見が得られ、組織検体の特性をより詳しく解析できます。単一の検体でこれらのターゲットを同時かつマルチモーダルに検出することで、生物学的検体の最も正確で最も完全な観察が行えます。

チャレンジ

タンパク質の検出と同時に全トランスクリプトームを解析する既存の方法は複雑で、非効率的であることに加え、多くの場合、異なる検出技術を利用した異なるプラットフォームで収集したデータを統合する必要があります。RNAとタンパク質は相関性が低いことは周知のとおりであり、また解析する遺伝子や組織によって変動することも多く、空間プロテオゲノミクスではこうした影響が同時に生じることがしばしばあります。

GeoMx®デジタル空間プロファイラー(DSP)を使用すれば、同じ組織検体切片でRNAとタンパク質をマルチモーダルに同時検出し、空間プロテオゲノミクスのワークフローを単純化できます。GeoMx RNAアッセイとGeoMxタンパク質アッセイを組み合わせることで、転写からタンパク質の活性化まで、生物学の全体像が得られます。

GeoMx RNAアッセイとGeoMxタンパク質アッセイは、光開裂性オリゴヌクレオチドによる標識を利用しており、本当の意味でのデジタル計数に基づきGeoMx DSP上で空間的プロテオゲノミクス解析を行えます。

注目のソリューション

GeoMx全トランスクリプトームアトラス(WTA)は、18,000種類以上のタンパク質コード遺伝子の偏りのない情報を提供します。GeoMxタンパク質アッセイでは、さらに数百種類のタンパク質も標的とできるため、関心のある生物学的領域でより詳しい解析が可能となります。

論文とポスター

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RNAおよびタンパク質の両方を1枚のFFPE切片で検出するためのGeoMx®を用いたプロテオゲノミクスワークフローの開発とパフォーマンス

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