CosMx™ Human 6K Discovery Panel
6000の遺伝子によりシングルセル空間解析は飛躍を遂げ、これまで前例のない生物学の発見をもたらすでしょう
シングルセルアトラスの構築や細胞状態・機能の特定、リガンド-受容体相互作用の検討、組織の微小環境表現型の特性解析、バイオマーカー研究にCosMx™ 6K Discovery Panelをご活用ください。ほぼすべての作用についてシングルセルレベルでの空間解析を行うことができ、画期的な成果を挙げることが可能です。
アプリケーション
Allen Human M1 Atlasを用いた半教師あり細胞タイピング
nb_clus #1 (motorClus20_custom_qc_2)
Novel clusters: Astro_2, L2.Neuron_1, Oligo_2, Oligo_3, e, pia.mater
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）肝癌組織内のさまざまなタイプの細胞において空間的共発現しているリガンドを発見
リガンドの共局在化により、ヒトの脳における希少細胞タイプSst Chodlニューロンを特定
リガンドの近傍発現プロファイルの相関行列において教師なしクラスタリングを実行し、共局在しているリガンドクラスターを特定しました。リガンドクラスターの1つはSST、NPY、CORTの3つのリガンドからなり、近傍発現プロファイルで強い相関関係を示しています。この3つのリガンドが共発現していることから、希少細胞タイプであるSst Chodl介在ニューロンがデータセット内で特定されました。
ヒートマップは、空間内の選択されたリガンド クラスターのアンサンブル近傍表現を示します。
scRNA-seqより、CosMx 6K Discoveryパネルを使用する理由は何ですか?
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研究
Path to the holy grail of spatial biology: Spatial single-cell whole transcriptomes using 6000-plex spatial molecular imaging on FFPE tissue – AACR 2023
High-plex imaging of RNA and proteins at subcellular resolution in fixed tissue by spatial molecular imaging
Resolving the spatial distribution of RNA and protein in tissues at subcellular resolution is a challenge in the field of spatial biology. We describe spatial molecular imaging, a system that measures RNAs and proteins in intact biological samples at subcellular resolution by performing multiple cycles of nucleic acid hybridization of fluorescent molecular barcodes.
